coding memo.

flex

2009-07-12T22:29:00.000+09:00

そろそろflexの勉強もはじめとかないといけないのだが。。。
javascriptもかじっといたほうがいいのか。。
action scriptもかじっといたほうがいいのか。。
もー，何から手をつけていいのやら。

ともかくも，今の仕事に集中して，きちんとバグを出さないように設計することが第一ですな。。。

MS exchange/ SQL server

2009-06-24T00:48:00.002+09:00

お仕事で勉強中ですが。
膨大な仕様書の中から必要な情報をかき集めるのは，非常に時間がかかるのです。
It takes much time to rally the required infomation from lots of specifications...
I'm sleepy, so bye for now.

SQLお勉強～１

2009-02-22T22:33:00.000+09:00

2009Feb22nd

『まるごと図解　ＳＱＬがわかる』のメモ
isbn 4-7741-1275-5
Chapter 1
・CREATE DATABASE 業務データベース;
・CREATE TABLE 社員台帳(名前 CHAR(50), 社員番号 CHAR(10) );

・ISAM アイサム Indexed Sequential Access Method
・同時実行制御機能　排他ロック　
　　⇒select columns from tables where condition for update;
・トランザクション管理機能
　　⇒BEGIN TRANSACTION; //これから仮想的な更新を開始します。
　　　UPDATE xxx;
　　　UPDATE xxx;
　　　COMMIT; //以上の処理を実データとして更新します！
　　　
　　　ROLLBACK; //仮想的な更新中に１つでもエラーがあった場合に最初の状態にもどします。
・アクセス権管理
　　⇒やま　にアクセス権(SELECT,INSERT,UPDATE)を与える場合
　　　GRANT SELECT,INSERT,UPDATE ON tables TO やま;
　　　やま　からアクセス権(INSERT, UPDATE)を剥奪する場合
　　　REVOKE INSERT,UPDATE ON tables TO やま;

Chapter2
・スキーマ定義（３階層のデータ構造）
　内部スキーマ　ハード的な仕様決め
　概念スキーマ　ＥＲ図をもとに生成
　外部スキーマ　SQLではviewに相当；ユーザが扱いやすい形で,外部スキーマの変更は概念スキーマに影響な

し
　・概念スキーマと外部スキーマを合わせたモデルを論理データモデルという。
。

・正規化　
　１．第一正規化：データの重複を取り除いてテーブルを分割化
　２．第二正規化：第一正規形から部分関数従属性を排除化（別てーぶる化）
　３．第三正規化：候補キーに推移的に関数従属しているキーを排除化（別てーぶる化）
　４．第四正規化：
　５．第五正規化：　　　　　　

・実際では,大まかなＥＲ図作成⇒正規化⇒詳細ＥＲ図作成の流れで作業は進むらしい。
・あるテーブルの外部キーが参照しているテーブルが削除された場合,その外部キーとなっているカラムの値

にはゼロが入るようにＲＤＢＭＳを設定することができる。

・Data Definition Language
create database; create table; create index; create view; create user; grant/revoke;
・Data Manipulation Language
select; insert; update; delete;

今日mika typeにはまりました

2009-02-03T04:53:00.001+09:00

特に,かな文字入力の練習。
今年の目標の１つにしましょうかね。

ネットワークのお勉強

2009-01-30T18:26:00.003+09:00

IEEE802委員会ってなんだよｗ

ＢＡＳＥバンド伝送方式⇒コンピュータのデジタル信号をそのまま回線に合わせたデジタル信号として伝送。
ＴＰケーブルってなに？

媒体アクセス制御方式
CSMA/Cd キャリア見地を行い、複数アクセスを制御する方法。⇒キャリア＝回線上にあるでーたのこと

トークンリング/FDDI
IBM企画のLANkikaku .IEEE802.5, リング型とポロ時
CSMA/CDと違い，トークンという送信権をネットワーク上に巡回させる,4Mbbs/16Mbps,TPケーブル使用,転送効率は高いです。リング型のため故障率が高い。現在ではあまりつかｗされないそうです。
媒体アクセス制御方式は：トークンパッシング方式とよばれる。
トークンパッシング方式の改良型として、ＦＤＤＩ Fiber-distributed data interface
ANSIあんしがX3T9.5として標準化,光ファイバを利用
媒体アクセス制御方式として,アペンドトークン方式を利用
これはビジートークンにする際にフリートークンをあとづけ(append)する方式。

ハブ
物理層で動作。半二重通信で動作。回線は＋と－の2線を1対として、1本の通信路になります。
半二重通信とは？
ハブの動作：信号の修復,プリアンブルの復元,ぶりアンブルとはイーサネットフレームの開始を知らせる信号。
イーサネットではcsma/cd方式なので,こりジョンが発生する。ハブにつながっている機器は基本的に同じ凝りジョンドメインである。こりジョンドメインとはこりジョンが発生する可能性のある範囲のことである。
ハブでは送信・受信の信号の処理を同時にできない。そのため擬似的に衝突したことにしてジャム信号（こりジョンが発生したときにノードに渡す信号）を送信する。

LANスイッチはイーサネット機器なのでイーサネットｆれーむを扱います。データリンク層で動作します。ＭＡＣアドレスを自動学習して前二十通信が可能、こりジョンドメインを分割可能

ルータ
ネットワーク層で度す亜します。
ネットワークとネットワークの境界に位置する。パケットをルーティングする。
フレームの形で受け取り,フレームの中に含まれるパケットを取り出す,そしてそのパケットを包みなおし,フレームの形で伝送する。ＴＣＰＩＰの通信においてはどの端末もルーティングテーブルを持っている。ルータはポートごとにLANスイッチと同じようにバッファを持ちます。このため、ポートごとにコリジョンドメインを分割できます。つまり、複数のコリジョンドメインと複数のブロードキャストドメインを持ちます。

【放送大学講義メモ】ヒューマンエラーの心理学

2009-01-04T23:16:00.003+09:00

■特別講義
ヒューマンエラーの心理学～うっかりミスはなぜ起きる～
担当講師：芳賀　繁(立教大学教授)

※プログラムを作るうえで，ヒューマンエラーを意識することは重要であると思われるので，この講義を見ました。

・「お」という字を連続して書く作業の実験で、「あ」や「の」を書いてしまう実験。「お」の字を連続して書いていると、「お」の字をきちんとかけているかどうか考えてしまう現象が生じる。

「お」を書くｋスキーマが活性化されて、「あ」や「む」や「す」や「ち」や「み」や「な」などを書いてしまう。急速書字スリップというらしい。

記憶のメカニズム
・記銘＝主ベルこと←注意しなければ記憶に残らない
・保持＝覚えると←長く思い出さないでいると思い出せなくなる
・想起＝思い出すこと←自発的に思い出すのは水かしい、思い出さなければならないタイミングに思い出せない。

千円札の裏側に書かれた絵はなんだったか。右を向いていたか左を向いていたか？など正確なことをおぼえているのか？絵を描いた跡、その紙にイニシャルを書くように支持するので、そのときにイニシャルを書いてください。
正解は、富士山であった。。。ぼくは鶴だとおもってました。。。
展望的記憶（予定の記憶、もののおき忘れなど）の失敗。最近、心理学でよく研究されるようになったものらしい。

もうひとつのテスト。
「注射禁止の標識の斜め線はどっち傾きであるかというクイズ」左上から右下に惹かれているのが正解で、この理由はＮとＯを重ねたときのマークになっているから！ちょっとした豆知識ですね。

ヒューマンエラーは安全工学や安全性工学などで使われ始めた。人間とシステムの共同作業するときに、人間側にミスがあることをヒューマンエラーというらしい。
ｍ－シェルモデルというモデルがヒューマンファクタをあらわすモデルとなっている。
ＳＨＥＬＬ＝
Ｓ－ソフトウェア
Ｈ－ハードウェア
Ｌ－ライブウェア
Ｅ－エンバイロンメント
ｍ－マネジメント
がシステムの構成要素であることを前提にエラーを考えるモデルのことである。

ヒューマンエラーが生じるとシステムによって問題が増幅されることが多々ある。ジャンボジェット・新幹線・化学プラント・原子力発電所などではヒューマンエラーはあってはならない。事故につながるようなエラーは対策しなければ成らないのは当たり前である。

ミスを防ぐ対策
・デザインの工夫
　　色・明瞭な通信・表示・複数チャネルの利用
・作業方法の工夫
　　湯ｂ位指し故障、復唱

動作ミスを防ぐｔが遺作
・体の動作を付加する
・さざと扱いにくくする、進みにくくする
・フループルーフ
・標準化する
・アフォーダンスの利用　生態心理学の用語、デザインなんたら
など

記憶ミスの防止
・復唱する・文字で書く
・保持段階でのミス　定期的に思い出す、復習する
・想起段階でのミス防止←動作ふを習慣化する、チェックリスト、語呂合わせの利用、リマインダを用意する

違反・不安全行動などが原因でエラーが発生することもある
これらは、心理的なことが原因で生じるので心理学の観点から考えることはとても重要である。

いやぁ、興味がどんどんわいてくる講義でとても面白かった！

new wireless keyboard

2008-11-30T21:05:00.001+09:00

つうかもう，下の文章イミフｗｗｗｗ自分の日本語能力に。。。まぁわかっていましたがｗ
・Craving Explore　→　エンコーディング変換ソフトで，結構使い勝手がよい！
・新しいキーボードとマウスを購入した。
　fk-fdp002bkでエレコムのやつ。パンタグラフ式。ちょっとキータッチが硬い感じだが。デザインがよいのでおｋ。。。
　デバイスの認識に手間取って，８時間格闘した末にやっと使えるように。問題はBIOSの設定にあったようで。USB関連の項目をAuto→Enableに設定したところ認識しますた。
・ノートン先生が邪魔してるのかなーとおもい。アンインストールしてもうた。まぁ、期限切れだったし、新しいの買おうと思ってたところだから問題なし！で、Avast!でもインストール使用と思ったけれども、
・プロジェクトには，始まりと終わりがある（→人生と一緒！）。また，プロジェクトには新しい要素がある。
　つまり，プロジェクト＝人生＋新しい人生。○rzではなく，新しいことをある期間に間に行うことがプロジェクト活動であるといえるんではないかと思うのです。
・engineの語源は，ingenium(ラテン語)『うまれながらの才能』

・〔ホスト（イニシエータ：機器に命令を発する）〕------>〔HDD（ターゲット：イニシエータの命令を受け取る）〕
・いまの時代だからこそ,あえて,アナログコンピュータ！！カオスコンピュータ！！
・Recovery Time Objective 目標復旧時間 RTO
・Recovery Point Objective 目標復旧時点　RPO
・げる。

weekly memo

2008-10-05T23:53:00.003+09:00

■机上メモの写し
・version management ①CVS ②VSS
・仮想現実（VR）　・拡張現実（AR）　e.g. Sekai Camera
・BCI (Brain Computer Interface)
・問題数　■■■■■■■□
・難易度　■□□□□□□□

・ホストコントローラ　＝　ホストバスアダプタ　HBA
・SAS = Serial Attached SCSI ←既出
・SATA = Serial ATA

Apache/Tomcat環境構築作業1-2

2008-09-20T19:58:00.000+09:00

MySQLの実行方法
管理者権限でコマンドプロンプト起動
>net start mysql
>mysql -u root -p
でおｋ。

weekly memo

2008-09-20T19:54:00.003+09:00

■初耳用語
・SLA
・Three methods on cache memory mapping
i) direct mapping method
ii) set associative method
iii) full associative method
・Ajax
・Jarファイル
・Perl
・serialize
　　１．ひとつの資源をひとつの主体だけが利用することに決めること。要は，排他制御にすること。
　　２．オブジェクトをバイト列やXMLフォーマットに変換すること
・z/os, z/VM, z/VSE @ibm
・Object Request Broker

Apache/Tomcat環境構築作業１

2008-08-16T12:34:00.000+09:00

＠ITの講座
基礎から学ぶサーブレット／JSP(1)～(3)を一通りやってみた。
(3)のApache+Tomcatの環境構築の途中で・・・飛行機の時間に^^;;

いつもつかってるローカル環境で，
Apache
http://www.meisei-u.ac.jp/mirror/apache/dist/httpd/binaries/win32/apache_2.2.9-win32-x86-no_ssl-r2.msi

Tomcat
http://ftp.riken.jp/net/apache/tomcat/tomcat-6/v6.0.18/bin/apache-tomcat-6.0.18.exe

Connector(apache<->tomcat)
http://ftp.kddilabs.jp/infosystems/apache/tomcat/tomcat-connectors/jk/binaries/win32/jk-1.2.26/mod_jk-1.2.26-httpd-2.2.4.so
注：このファイルをrename(mod_jk.so)して，どっかにコピーした。

をインストール。(3)の説明では，コネクタはjk2だったが，jk2はもうdevelop+supportされていないということなので，jkをもってきた。其のおかげで，設定手順を自分で調べて読んでしなければならないので時間がかかりそう。 apache直下の/conf/httpd.conf かな？の操作法をしらべているところであぼーと。

つづきは，来週か。。。

weekly memo

2008-08-04T21:07:00.003+09:00

■最近調べた用語とか
・%userprofile% =vistaでユーザフォルダのエイリアス
・2層コミット＝指揮者(coordinator)＋参加者 (participant)
・内臓用HDDやDVDドライブなどをUSB2.0接続できるケーブルセット
　対応インターフェース:IDE　ATA133/100/66/33　を購入！
・当たり前だけど，感心した文章↓

プログラミングは本来楽しいものであり、楽しいからこそ能力が向上し、優れたプログラマになれるのだと私は思います。「仕事だから」とかいう理由を付けて、しかめ面でプログラミングをするのはやめましょう。また、楽しいプログラミングは人生をより実りあるものにしてくれるはずです。私はそう信じています。
byまつもとひろゆき氏

・DMA(Direct Memory Access) 制御方式
・2008/Octに受験予定のソフ開テスト　範囲確認
　ソフトウェア開発技術者
　コンピュータ科学基礎Ⅲ
　コンピュータシステムⅡ
　システムの開発と運用Ⅱ
　ネットワーク技術Ⅱ
　データベース技術Ⅱ
　セキュリティと標準化Ⅱ
※Ⅰ←易・・・Ⅱ・・・難→Ⅲ

weekly memo

2008-07-24T19:24:00.003+09:00

・OLEコントロール　→　Active Xコントロール
・dll = dynamic link library
・CAN通信　～　Controller Area Network
・リチャード・ストールマン
・copyleft
・Raw画像
・crossfire

・プロプライエタリソフトウェア　[proprietary software]
　　cf. free software
・BSD(バークーレー)　← version 7 Unix
・System　V　（AT&T）← version 7 Unix
・バクロニム　backronym ← back + acronym
acronymというhtmlタグがあるらしい…つぎからつかってみよう！
　http://www.htmq.com/html/acronym.shtml
・Solaris →　SPARC architecture
・Solaris → x86 architecture (AMD64/EM64)
・Solaris (@sunmicro systems)
・SLP = Service Location Protocol ← SLP java API

weekly memo

2008-07-09T22:38:00.002+09:00

今回は前回のweekly memoより少しは…
・SASインターフェース
・ファイバチャネル
・SAS = Serial Attached SCSI
・SCSI = Small Computer System Interface
・VLIW = Very Long Instruction Word
・IKE = Internet Key Exchange
・SAML = Security Assertion Markup Language
・DLCM = Data Lifecycle Management

・パイプラインの深さ
・パイプラインピッチ
・パイプラインハザード
・命令

・工事完了基準　→　工事進行基準
・検収　けんしゅう
・Agile Software Development

・GPL = General Public License
・Apache ライセンス
・LGPL = Lesser GPL

・Powerset っつう自然言語検索がWikipediaにあるが…Google並みのサイトカバー率になれば…グールル先生なんて！

■日本語語彙
・ボーダレス消費
・法要　≒　法会/法事

weekly memo

2008-06-22T19:02:00.001+09:00

・キー値（二分探索木）

これだけかＹＯ，．．もっとお勉強しようぜ。

weekly memo

2008-06-17T00:27:00.002+09:00

■最近耳にしたやつ
※単語の語尾に「?」がついている単語は分からない単語である。
・SMS=Short Message Service e.g. auのｃメールとか
・pyramid structure
・「フレーム」はデータリンク層のお話
・ネットワーク層「パケット」
・セッション層より上位「メッセージ」
・トランスポート層「セグメント」or「データグラム」
・ポート密度?
・オートネゴシエーション機能?
・man[セクション番号][コマンド/ファイル名]
・SFA:=Sales Force Automation

weekly memo

2008-06-09T00:36:00.003+09:00

■最近耳にしたやつ
※単語の語尾に「?」がついている単語は分からない単語である。

・DSP(digital signal processor)とRISCコア
・MPP=Massively Parallel Processor
・スタックアンダーフロー　＝　pop操作によってスタックポインタがスタックの基点を超えると…
・Ada?
・Squeak?
・JIT(動的コンパイル技術)=just in time cf.AOT = ahead of time
・GCの制御？

weekly memo

2008-05-31T21:51:00.002+09:00

■耳に入った新しい単語
・CORBA = common object request brocker architechture
・LSB = Linux Standard Base
・エルマーク
・きずな(winds)～インターネット衛星
・OpenID
・LTE = Long Term Evolution ～4G←3G .....携帯電話通信方式

・打切り誤差 truncation error
・HLDC = High-level Data Link Control データリンク層のプロトコル
・POSIX = ポジックス　= Portable Operating System Interface
・dongle ドングル
・Bluetooth アダプタと対応プリンタ欲しす

weekly memo

2008-05-18T21:00:00.003+09:00

今週のメモに残っていたＩＴ関連の用語は、一個…。
・CSMA/CD (LAN制御方式)
だった。これはCarrier Sense Multiple Access / Collision Detection の略である。関連用語として、CSMA/CA方式がある。

rewind()

2008-05-08T22:34:00.003+09:00

rewind()の使い方がいまいちつかめない。
「初めてのアルゴリズム入門」page223のキューのコードのなかで使われてるやつとか。
rewind…辞書的な意味は”巻き戻す”

ファイルポインタを引数として、そのファイルポインタを巻き戻して、最初の場所にもってくるというふうに標準ライブラリの説明にあったが、よくわからん。

多分、分からない原因はstdin付近の事情に関する無知からきているので、そのへんのとこを調べておくように。

weekly memo

2008-05-03T22:29:00.001+09:00

ustream

javaで実行させながらパラメータ調整

2007-12-20T17:42:00.000+09:00

コマンドプロンプトで
$ javac aiProcessMass_e.java
でクラスファイル生成
$appletviewer aiProcessMass_e.java
で実行

実行イメージ↓


/*
*  created 2007/11/24
*/
//last modified 2007/12/18


import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
import java.applet.*;

/*
//コピペするならかっこを半角にすること
＜applet code="aiProcess_e.class" height="700" width="1200"＞
＜/applet＞

*/

public class aiProcess_e extends Applet implements  ActionListener, Runnable  {

 Thread thread = null;

 ///*for event*/
 Button bt_reset, bt_startStop;
 int resetSW = 0; //1-reset
 int startSW = 1; //0-stop, 1-start

 int num=1000000;               // メイン関数の中の関数群実行回数上限

 static int max_trna = 210;          // trna1,trna2に関する配列の最大要素数
 int num_trna_division = 200;  // trna数がこれ以上になると分裂する
 int num_trna_percell  = 100;  // 分裂時の1細胞あたりのtrnaの数
 double mutate_rate = 0.1;       // trna集団のうちいくつ変異させるか：0～1で指定

 ///*initialization parameters*/
 double init_trna1r =  20.0;//tRNA1の認識範囲
 double init_trna1p =  100.0;//tRNA1の重心
 double init_trna2r =  20.0;//tRNA2の認識範囲
 double init_trna2p = 150.0;//tRNA2の重心
 int init_num_trna1 = 50;//tRNA1の初期個数
 int init_num_trna2 = 50;//tRNA2の初期個数

 ///*mutation system*/
 double length = 100.0;   // trnaの長さ
 double ai  =    100.0 ;  // １以上の正の整数を指定すること
 double max  =    30.0;   // 認識範囲の変化量の絶対値の上限

 ///*deletion systems*/
 double r_max =   80.0;  //trnaの認識範囲の上限(この値以上になるとそのtrnaは消される)
 double r_min =    1.0;  //trnaの認識範囲の下限(この値以下になるとそのtrnaは消される)

 ///*animo acid availability*/
 //１回の翻訳当たりのアミノ酸の合成個数
 double aa1 =  1.0;
 double aa2 =  1.5;

 ///*codon level coordinates' paramters*/
 double basepoint  = 100.0;
 double codon1_level = 100.0;
 double gap = 50.0;
 double codon2_level = 150.0;

 /////*trna system variables*/
 //r:trna range of recognition, p:center of range
 double trna1r[] = new double[max_trna];
 double trna1p[] = new double[max_trna];
 double trna2r[] = new double[max_trna];
 double trna2p[] = new double[max_trna];
 int num_trna1, num_trna2; //それぞれtRNA1,tRNA2の数

 ///*temporal variables*/
 int mem_crossindex[] = new int[max_trna];

 ///*分裂回数*/
 int num_division;

 public void init(){
   thread = new Thread(this);
   thread.start();

   ///*locate buttons*/
   bt_reset = new Button("RESET");
   bt_reset.addActionListener(this);

   bt_startStop = new Button("START / STOP");
   bt_startStop.addActionListener(this);


  // setInitialCondition();


   ///*set layout*/
   setLayout(new BorderLayout());
   Panel pnl = new Panel();
   pnl.setLayout(new GridLayout(20,10,3,3));
   pnl.add(bt_reset);
   pnl.add(bt_startStop);
   pnl.add(new Label(" ")); //vacant space?
   add(pnl, "East");

 }

 public void actionPerformed(ActionEvent ev){
   if( ev.getSource() == bt_reset){
     resetSW = 1;
   }else if (ev.getSource() == bt_startStop){
     if(startSW == 0){
       startSW = 1;
     }else{
       startSW = 0;
     }
   }
 }


 public void paint(Graphics g){

   //getSize().widthの幅の右から70pixは、文字情報表示
   ///*set colors*/
   Color lightyellow = new Color(255,255,180);
   Color lightblue = new Color(180,255,255);
   Color blue = new Color(0,0,255);
   Color pink = new Color(255,180,255);
   Color red = new Color(255,0,0);
   Color green = new Color(0,255,0);
   Color black = new Color(0,0,0);

   //描画順にどんどん上塗りされていくことに注意する。


   ///*最初にコドン領域を描画したらいい？*/
   g.setColor(blue);
//    g.fillRect(100+1, (int)basepoint+400, getSize().width - 400, 1);//コドン認識領域を描く
   g.drawLine(100+1, (int)basepoint+400, getSize().width - 400, (int)basepoint+400);
   g.setColor(red);
 //  g.fillRect(100+1, (int)(basepoint + gap+400), getSize().width - 400, 1);//コドン認識領域を描く
   g.drawLine(100+1, (int)(basepoint+gap+400), getSize().width - 400, (int)(basepoint+gap+400) );

   //tRNAの認識範囲の軸が重なると個が見にくいので描画領域の上下でtRNAごとに作成
   g.setColor(blue);
 //  g.fillRect(100+1, (int)basepoint, getSize().width - 400, 1);//コドン認識領域を描く
   g.drawLine(100+1, (int)basepoint, getSize().width - 400, (int)basepoint);
   g.setColor(red);
 //  g.fillRect(100+1, (int)(basepoint + gap), getSize().width - 400, 1);//コドン認識領域を描く
   g.drawLine(100+1, (int)(basepoint+gap), getSize().width - 400, (int)(basepoint+gap) );


   g.setColor(black);
   g.drawLine(100, 0, 100, getSize().height );//軸を描く

   int i;

   g.setColor(red);
   for(i=0; i< num_trna1="%5d," num_trna2="%5d\n" num_trna1="%5d," num_trna2="%5d\n" num_division="0;" num_trna1 =" init_num_trna1;" num_trna2 =" init_num_trna2;" i="0;" max="" x="" length="" 0="" 1="" double="" rndd="Math.random()" trnar="" dr="0.0;" return="" public="" void="" int="" num_all="num_trna1" num_mutate="(int)(" mutate_rate="" i="0;"><>= num_trna1 ){
       rnd = rnd - num_trna1;
       System.out.println("mutation @trna2");
       trna2r[rnd] = mutate( trna2r[rnd] );
       System.out.println("\n");
       //  }else{
       //     printf("\nIn Function mutations(). Error occured.\n");
     }
   }

 }


 /////*tRNAの認識範囲が許容範囲外のものを消去する関数*******************************/
 public  void delete(){
   int i,j;

   //異常に長いor短い認識範囲のtRNAは消去
   for( i=0; i= r_min  &&  trna1r[i] <= r_max ){         continue;       }else{         //shiftseq( trna1r, num_trna1, i);         for( j=i; j= r_min  &&  trna2r[i] <= r_max ){         continue;       }else{         // shiftseq( trna2r, num_trna2, i);         for( j=i; j< j="0," num_cross_l1_trna1="0," num_cross_l1_trna2="0;" num_cross_l2_trna1="0," num_cross_l2_trna2="0;" num_all =" num_trna1" num_rep =" num_trna_division" num_level1 =" (int)" num_level2 =" num_level1;" j="0;" i="0;"><= codon1_level && trna1p[i]+trna1r[i] >= codon1_level){
       num_cross_l1_trna1++;
       mem_crossindex[j]=i;
       j++;
     }
   }
   //   num_cross_l1_trna1 = num_cross(CODON1_LEVEL, trna1r, trna1p, num_trna1);
   for (i=0; i<= codon1_level && trna2p[i]+trna2r[i] >= codon1_level){
       num_cross_l1_trna2++;
       mem_crossindex[j]=i;
       j++;
     }
   }
   //num_cross_l1_trna2 = num_cross(CODON1_LEVEL, trna2r, trna2p, num_trna2);

   num_rep1 = (double) num_cross_l1_trna1 * aa1;
   num_rep2 = (double) num_cross_l1_trna2 * aa2;

   trna1_l1_rep = (int) ( num_rep1/(num_rep1+num_rep2) * num_level1 );
   trna2_l1_rep = (int) ( num_rep2/(num_rep1+num_rep2) * num_level1 );


   temp_num_trna1 = num_trna1;
   for(i=0; i<= codon2_level && trna1p[i]+trna1r[i] >= codon2_level){
       num_cross_l2_trna1++;
       mem_crossindex[j]=i;
       j++;
     }
   }
   //num_cross_l2_trna1 = num_cross(CODON2_LEVEL, trna1r, trna1p, temp_num_trna1);
   for (i=0; i<= codon2_level && trna2p[i]+trna2r[i] >= codon2_level){
       num_cross_l2_trna2++;
       mem_crossindex[j]=i;
       j++;
     }
   }
   //num_cross_l2_trna2 = num_cross(CODON2_LEVEL, trna2r, trna2p, temp_num_trna2);

   num_rep1 = (double) num_cross_l2_trna1 * aa1;
   num_rep2 = (double) num_cross_l2_trna2 * aa2;

   trna1_l2_rep = (int) ( num_rep1/(num_rep1+num_rep2) * num_level2 );
   trna2_l2_rep = (int) ( num_rep2/(num_rep1+num_rep2) * num_level2 );

   //temp_num_trna1 = num_trna1;
   for(i=0; i 0; residue--){
     rnd = (int) ( Math.random()*( temp_num_trna1 + temp_num_trna2 ) );
     if( rnd < num_all =" num_trna1" temp_num_trna1 =" num_trna1;" temp_num_trna2 =" num_trna2;" num_trna1 =" 0;" num_trna2 =" 0;" i="0;" rnd="(int)">< i="0;" i="0;">

borland C compiler

2007-12-04T22:19:00.000+09:00

freecommandlinetools2.exe has been installed on my sony notebook computer.
When I try to compile "source including 'drand48()'", errors occurred and cannot compile.

Graphical coding :Java applet

2007-11-20T23:54:00.000+09:00

The program below is executable, but UNDER CONSTRUCTION.


import java.applet.*;
import java.awt.*;

public class Draw2 extends Applet {


 
  public void init(){

 
   // System.out.println("パラメーターが整数ではありません");
    setBackground(Color.white);
  }

  public void paint(Graphics g){
    //getSize().widthの幅の右から70pixは、文字情報表示
   
    /*set colors*/
    Color lightyellow = new Color(255,255,180);
    Color lightblue = new Color(180,255,255);
    Color blue = new Color(0,0,255);
    Color pink = new Color(255,180,255);
    Color red = new Color(255,0,0);
    Color green = new Color(0,255,0);
    Color black = new Color(0,0,0);   

//描画順にどんどん上塗りされていくことに注意する。


    /*最初にコドン領域を描画したらいい？*/
    g.setColor(lightyellow);
    g.fillRect(100+1, 200, getSize().width - 400, 50);//コドン認識領域を描く
    g.setColor(lightblue);
    g.fillRect(100+1, 275, getSize().width - 400, 50);//コドン認識領域を描く


   
    g.setColor(black);
    g.drawLine(100, 0, 100, getSize().height );//軸を描く

   
    g.setColor(blue);
    g.drawLine(200, 0, 200, getSize().height );//軸を描くtrna1:blue line
    g.setColor(red);
    g.drawLine(300, 0, 300, getSize().height );//軸を描くtrna2:red line




   
    int p1,p2;
    int l1,l2;
    int t;

    t=0;

    p1 = 250;
    p2 = 190;
    l1 = 50;
    l2 = 50;
   
    g.setColor(blue);
    g.fillRect(190, p1+l1, 20, l1*2 );    //trna1認識範　g.fillRect(x(fixed),y,width(fixed),height)
    g.setColor(red);
    g.fillRect(290, p2+l2, 20, l2*2 );    //trna2認識範囲 same here.
   

   
    g.setColor(black);
    g.setFont(new Font("TimesRoman",Font.BOLD,15));
    g.drawString("The length of AI state =", getSize().width - 400, getSize().height - 10);
   
  }

}

AI state codon reassignment

2007-11-19T19:21:00.000+09:00

Codon reassignments via AI state


/*created@2007Nov18*/
/*Codon reassignment via AI state*/

#include 
#include 
#include 

/*walking system*/
#define LENGTH 70 //tRNAの長さ
#define W 0.0    //アンチコドン変異(ＣＤ化推進部位)でのpの変化量
#define Z 0.0      //アンチコドン変異(ＣＤ化推進部位)でのlの変化量
#define AI_P 2.0   //ＡＩ化の推進部位変異での変化量
#define AI_L  0.5  //ＡＩ化の推進部位変異での変化量
#define D 60.0     //領域[D,LENGTH]が中立部位になる

/*animo acid availability*/
#define A1 0.6
#define A2 0.1
#define GETA 10 //コドン再配置が生じるためにＡＩ状態いるべき最低時間
#define BETA 100

/*codon system's paramters*/
#define BASEPOINT     1000.0
#define GAP           10.0
#define CODON1_WIDTH  50.0
#define CODON2_WIDTH  50.0

/*trna system*/
//l:trna range of recognition, p:center of range
//dl:change of range , dp:walking length
//So far, trna2 is fixed.
double l1,p1;
double l2,p2;
double dp,dl;

/*amino acid quantity*/
int limit_time;

/*変異回数 (walk()の呼び出し回数)*/
int t;

/*setting of codons' range */
double cdn1_min,cdn1_max;
double cdn2_min,cdn2_max;

/*AI state flag*/
//1:AI state, 0:NOT AI state
int cdn2_ai_flg = 0;

/*functions*/
init();
init_aa();
aa_comp();
walk();
int is_ai();



main(){
  init();
  init_aa();

  while(1){
    walk();
    t++;
    printf("aaa\n");
//    is_ai();
    while( is_ai() == 1 ){
      printf("is_ai()=true\n");
      aa_comp();
      printf("limit_time = %5d \n",limit_time);
      walk();
      t++;
    }
    //if reassignment failed, initialize the x1,x2
    init_aa();
   
  }
 
}



init(){

  cdn2_min = BASEPOINT;
  cdn2_max = cdn2_min + CODON2_WIDTH;
  cdn1_min = cdn2_max + GAP;
  cdn1_max = cdn1_min + CODON1_WIDTH;

  p1 = cdn1_min + CODON1_WIDTH / 2.0;
  l1 = CODON1_WIDTH / 2.0;
 
  p2 = cdn2_min + CODON2_WIDTH / 2.0;
  l2 = CODON2_WIDTH / 2.0;

  t = 0;
}


init_aa(){  //アミノ酸に対するtrna初期濃度
  limit_time = (int) BETA / ( A1 - A2 ) + GETA;
}

 
aa_comp(){
  limit_time--;

  if( limit_time <= 0 ){
    printf("codon reassigned.\n");
    printf("mutation time is %5d \n",t);
    exit(EXIT_SUCCESS);
  }
}


walk(){
  double rnd;
  double dp = 0.0;
  double dl = 0.0;
 
  rnd = drand48() * LENGTH;

  if( rnd >= 0.0 && rnd < 3.0 ){
    //hit trna in the anticodon
    printf("Mutation in anticodon.\n");
    dp = W;
    dl = Z;
  }else if( rnd >= 3.0 && rnd < D ){
    //hit trna in the non-anticodon, but effective
    dp = AI_P;
    dl = AI_L;
  }else if( rnd >= D && rnd <= LENGTH){
    //hit trna in the non-anticodon, ineffective
    dp = 0.0;
    dl = 0.0;
  }

  rnd = drand48();
  if( rnd > 0.5 ) dp = -1*dp;
 
  rnd = drand48();
  if( rnd > 0.5 ) dl = -1*dl;

  l1 = l1 + dl;
  p1 = p1 + dp;
 
}


int is_ai(){
  if(  ( p1 - l1 ) <= cdn2_max ){
    cdn2_ai_flg = 1;
  }else{
    cdn2_ai_flg = 0;
  }
  return cdn2_ai_flg;
 
}